寺伝によると平安時代、円仁(慈覚大師)が清和天皇の勅願で東関東鎮護の霊場を開いたのが始まりとされています。江戸時代には真言宗関東十一檀林の談義所として多くの学僧を輩出しています。
高幡のお不動さんと呼ばれ人々の信仰を集め、成田山新勝寺などとともに関東三大不動の一とされています。
新選組副長として活躍した土方歳三の菩提寺である縁から境内には土方歳三の銅像や近藤勇、土方歳三の石碑があります。
都内有数のアジサイの名所としても知られ山内八十八ヶ所巡拝路には八十八ヶ所の石仏が祀られていました。
高幡不動を訪れたのは11月の、小さな子供の手を引いた家族連れが七五三参りに訪れていました。
真言宗の新義真言の一派。宗祖覚鑁(かくばん)は真言宗の教義に念仏を加味し、高野山の大伝法院にあって布教に努めた。その教勢が高野本山をしのいだため紛争を生じ1140年円明寺を開いて分立した。
昭和62年(1987年)に開創された不動霊場。神奈川県・東京都・埼玉県・千葉県内にある36箇所の不動明王霊場寺院をめぐる札所。
1番 雨降山大山寺、2番 大雄山最乗寺(道了尊)、3番 成田山横浜別院、4番 大聖山真福寺、5番 清林山佛乗院、6番 神木山長徳寺、7番 金剛山平間寺(川崎大師)、8番 高尾山薬王院(高尾山)、9番 高幡山明王院、10番 田無山総持寺、11番 亀頂山密乗院、12番 寶勝山蓮光寺、13番 大聖山東朝院、14番 神霊山慈眼寺、15番 明王山聖無動院、16番 竹園山最勝寺、17番 瀧轟山明王院、18番 泰叡山瀧泉寺、19番 牛宝山明王院、20番 成田山東京別院、21番 川崎大師東京別院、22番 阿遮山円満寺、23番 砂尾山橋場寺、24番 龍光山三高寺、25番 皿沼山永昌院、26番 五智山遍照院(西新井大師)、27番 成田山川越別院、28番 星野山無量寿寺(川越不動)、29番 不動山白山寺、30番 玉嶹山總願寺(不動ケ岡不動)、31番 光岩山彌勒密寺、32番 普和山最上寺、33番 妙高山大聖院、34番 幸野山宝勝院、35番 阿舎羅山大聖寺(波切不動)、36番 成田山神護新勝寺(成田不動)
平安時代初期の僧。延暦寺第3世座主。天台宗山門派の祖。大同3年(808年)比叡山に登って最澄の弟子となる。838年遣唐使の船に乗って入唐する。死後、貞観8年 (866年)慈覚大師を追諡。