新宿と呼ばれ市場があったところで大山道と甲州道が交わる交通の要衝でした。「市場にて長三町六間、天文の頃小合・公所兩所の民、爰に移りしより新宿と呼ぶ、此内に又原村と云小名あり」と新編相模国風土記に記されていると言います。明治3年(1870年)山王社から日吉神社へ改称しています。
しかし現地には由緒書きなどはなく詳しいことは判りませんでした。
大年神(おおとしかみ)と天知迦流美豆比売(あまちかるみずひめ)との間に生まれた神で、須佐之男命(すさのうのみこと)の孫にあたります。松尾さまの愛称で全国的に崇められる酒づくりの神です。
日本神話に登場する神で出雲神話の祖神とされています。伊弉諾尊(いざなぎのみこと)、伊弉冉尊(いざなみのみこと)の子で天照大神の弟とされています。
高天ヶ原で多くの乱暴を行ったことで天照大神が怒り天の岩戸にこもり、高天ヶ原から追放されました。出雲に下り八岐大蛇を退治し奇稲田姫命(くしなだひめ)を救ったとされています。