鎌倉時代、栄西により臨済宗として創建されましたが天文元年(1532年)曹洞宗に宗旨を改めたと言います。高島台から権現山にかけて続く丘の上にあり、交通の要衝にあることから戦国時代には隣接して権現山城が造られました。
江戸時代になると周辺は神奈川宿として栄えました。幕末には横浜が開港、これに伴い横浜アメリカ領事館が本覺寺に置かれました。当時山門はペンキで白く塗装され震災や戦災を免れて現存しています。
禅宗の一派。中国の禅宗第六祖慧能の法系である洞山良价 (807~869年) を祖とする。中国禅宗五家七宗の一つ。鎌倉時代に道元が入宋して伝えた。福井県の永平寺と神奈川県の総持寺とを大本山とする。
鎌倉時代の仏僧。曹洞宗の開祖。内大臣久我通親の子。幼くして比叡山に上ったがその教学に疑問をもち、栄西について禅を学び1223年明全(みょうぜん)とともに入宋した。天童山で如浄の印可を受け1228年帰国した。