現地の案内板によると十二山根本山神社は山岳信仰の霊地として多くの信仰を集めてきました。薬師如来の守護神十二神将を祀りることから十二山の山名が付いたと言われています。
昭和3年神社の社殿、拝殿は火災で焼失、昭和4年に木製の祠と上屋を奉納、昭和16年に修復したとされています。
十二山の平地に鳥居や手水鉢が置かれ小さな石祠が祀られています。かつては社殿などもあったようですが今はその面影も残っていません。
東方浄瑠璃世界の教主。人々の病患を救うとともに悟りに導くことを誓った仏で医薬の仏として信仰される。右手に施無畏印(せむいいん)を結び、左手に薬壺(やっこ)を持つ。脇侍に日光菩薩と月光菩薩、眷属として十二神将が配される。